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职务侵占40万不退赃会使犯罪嫌疑人失去从轻处罚的机会，可能面临更重的刑罚，并且司法机关依然会依法追缴赃款，犯罪嫌疑人还需承担民事赔偿责任。
1. 影响量刑：在司法实践中，主动退赃是一个重要的从轻处罚情节。根据相关司法解释和司法裁判惯例，犯罪嫌疑人积极退赃，表明其有悔罪表现，愿意弥补被害人的损失，司法机关在量刑时通常会予以考虑，适当从轻处罚。而职务侵占40万若不退赃，就失去了这一从轻情节。根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理贪污贿赂刑事案件适用法律若干问题的解释》规定，职务侵占罪中的“数额较大”“数额巨大”的数额起点，按照受贿罪、贪污罪相对应的数额标准规定的二倍、五倍执行。贪污或者受贿数额在三万元以上不满二十万元的，应当认定为刑法第三百八十三条第一款规定的“数额较大”，那么职务侵占数额在六万元以上不满一百万元的认定为“数额较大”。职务侵占40万属于“数额较大”的范畴，若不退赃，法院可能会在法定量刑幅度内处以相对较重的刑罚。
2. 司法追缴：即便犯罪嫌疑人拒不退赃，司法机关也不会放弃对赃款的追缴。公安机关在侦查阶段会全力追查赃款的去向，通过调查犯罪嫌疑人的银行账户、资金流向、交易记录等，尽可能追回被侵占的财物。如果赃款被转移、隐匿，司法机关可以采取查封、扣押、冻结等措施，对相关财产进行控制。一旦查明财产与职务侵占犯罪有关，就会依法予以追缴。在审判阶段，法院也会在判决中明确责令犯罪嫌疑人退赔被害人的损失。
3. 民事赔偿责任：职务侵占行为不仅触犯了刑法，还侵犯了被害单位的财产权，被害单位有权通过民事诉讼要求犯罪嫌疑人承担民事赔偿责任。即使犯罪嫌疑人在刑事诉讼中没有退赃，被害单位依然可以在刑事诉讼结束后，单独提起民事诉讼，要求犯罪嫌疑人返还被侵占的40万及相应的利息损失等。法院在审理民事案件时，会根据事实和法律规定，判决犯罪嫌疑人承担赔偿责任。如果犯罪嫌疑人拒不履行民事判决，被害单位可以向法院申请强制执行，法院可以采取查询、冻结、划拨犯罪嫌疑人的银行存款，查封、拍卖其名下的房产、车辆等财产等措施，以实现被害单位的合法权益。
4. 信用影响：犯罪嫌疑人拒不退赃的行为还可能对其个人信用产生负面影响。在当今社会，信用记录对于个人的生活和发展至关重要。一旦被列入失信被执行人名单，犯罪嫌疑人在金融信贷、商业合作、社会生活等方面都会受到诸多限制，如无法获得银行贷款、不能参与招投标项目、限制高消费等。这将对其未来的生活和事业发展造成严重的阻碍。
《中华人民共和国刑法》第二百七十一条第一款规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。
《中华人民共和国刑法》第六十四条规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。
《最高人民法院、最高人民检察院关于办理贪污贿赂刑事案件适用法律若干问题的解释》第十一条第一款规定，刑法第一百六十三条规定的非国家工作人员受贿罪、第二百七十一条规定的职务侵占罪中的““““““““““数额较大”“““数额较大”“数额巨大”的数额起点，按照本解释第一条、第二条、第三条的规定执行。
