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协议离婚后孩子抚养变更的程序如下：
1、双方协商：父母双方应首先就变更抚养权进行协商，并达成一致意见。如果双方都同意变更孩子的直接抚养权，那么可以直接签署抚养权变更协议。
2、签订抚养权变更协议：双方应起草并签署《抚养权变更协议》，明确变更后的抚养权安排、双方的权利和义务等。
3、准备相关材料：申请抚养权变更时，双方需要准备一些必要的材料，如双方的身份证、户口簿、离婚证、离婚协议书，孩子的户口簿和出生证明，以及双方草拟好的抚养权变更协议。
4、提交申请并备案：如果属于协议离婚的，应向办理离婚登记机关备案;如果是通过法院诉讼离婚的，应向原审法院备案。
虽然双方可以协议变更抚养权，但如果出现不利于未成年人成长的新情况，或者协商不成产生争执的，可以直接向法院起诉，由法院以出具判决书或调解书的方式确定孩子直接抚养权的归属。
法律依据：
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释(一)》第五十六条
具有下列情形之一，父母一方要求变更子女抚养关系的，人民法院应予支持：
(一)与子女共同生活的一方因患严重疾病或者因伤残无力继续抚养子女;
(二)与子女共同生活的一方不尽抚养义务或有虐待子女行为，或者其与子女共同生活对子女身心健康确有不利影响;
(三)已满八周岁的子女，愿随另一方生活，该方又有抚养能力;
(四)有其他正当理由需要变更。
第五十七条
父母双方协议变更子女抚养关系的，人民法院应予支持。
