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立案追诉时效内是有可能不予起诉的，不予起诉存在多种情形，并不单纯取决于是否在追诉时效内。
1. 法定不起诉情形：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定，存在一些法定情形时，检察院会作出不起诉决定。比如情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的（虽然在立案追诉时效内一般不涉及此条，但如果有特殊情况导致时效计算有争议等也可能适用）；经特赦令免除刑罚的；依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；犯罪嫌疑人、被告人死亡的等。即使案件处于立案追诉时效内，但如果存在上述情形之一，检察院也会作出不起诉决定。
2. 酌定不起诉情形：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察院可以作出不起诉决定。在立案追诉时效内，如果犯罪嫌疑人的犯罪情节符合此类情况，比如犯罪嫌疑人在犯罪后有自首、立功表现，或者犯罪行为危害后果较小等，检察院综合考虑各种因素后，也可能决定不起诉。
3. 证据不足不起诉情形：如果经过补充侦查，仍然证据不足，不符合起诉条件的，检察院应当作出不起诉的决定。在立案追诉时效内，如果侦查机关收集的证据无法形成完整的证据链，不能证明犯罪嫌疑人有罪，那么检察院也会基于此作出不起诉决定。这种情况下，与追诉时效并无直接关联，主要是证据方面的问题导致不起诉。
4. 其他因素：在司法实践中，还可能存在一些其他因素影响是否起诉。例如，从刑事政策角度考虑，为了更好地实现教育、改造等目的，对于一些轻微犯罪且犯罪嫌疑人有悔罪表现等情况，检察院也可能作出不起诉决定，而这些情况与是否在追诉时效内没有必然联系。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条 有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；（二）犯罪已过追诉时效期限的；（三）经特赦令免除刑罚的；（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条 犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条 对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
