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职务侵占不予立案时，单位可通过要求复议复核、向检察院申诉、自行提起民事诉讼、加强内部管理和调查等方式处理。
1. 要求复议复核：当单位收到公安机关不予立案的通知后，依据相关规定，有权在规定时间内要求作出决定的公安机关对该不予立案的决定进行复议。如果复议结果仍维持不予立案，单位还能向上一级公安机关申请复核。这是单位在程序上保障自身权益，促使公安机关再次审查案件的重要途径。例如，单位发现员工有职务侵占行为并向公安机关报案，但公安机关以证据不足不予立案，此时单位可及时申请复议，补充说明相关情况，有可能改变公安机关的决定。
2. 向检察院申诉：检察院是法律监督机关，对公安机关的立案活动具有监督职责。单位若对公安机关不予立案的决定不服，可以向同级人民检察院申诉。检察院会对单位提交的材料进行审查，若认为公安机关应当立案而不立案，会要求公安机关说明不立案的理由。如果检察院认为公安机关不立案理由不能成立，会通知公安机关立案，公安机关接到通知后应当立案。通过这种方式，借助检察院的监督力量，推动案件进入刑事诉讼程序。
3. 自行提起民事诉讼：即使职务侵占行为未被刑事立案，单位仍可基于民事法律关系，以侵权或违约等为由，向人民法院提起民事诉讼，要求侵占人返还侵占的财物、赔偿经济损失等。在民事诉讼中，单位需要承担举证责任，证明侵占人实施了侵占行为以及给单位造成的损失等事实。例如，单位能够提供相关的财务账目、合同、证人证言等证据，以支持自己的诉讼请求。法院会根据查明的事实和法律规定作出判决，若判决单位胜诉，可通过强制执行程序要求侵占人履行判决义务。
4. 加强内部管理和调查：单位要对内部管理制度进行全面审视和完善，特别是在财务监管、人员管理、业务流程等方面，堵塞可能存在的漏洞，防止类似情况再次发生。同时，单位可以自行组织力量对侵占行为进行进一步调查，收集更多的证据。比如，成立专门的调查小组，对相关业务环节进行梳理，与相关人员进行谈话等，获取更详细的信息，为后续的法律行动或内部处理提供依据。
5. 内部纪律处分：对于实施职务侵占行为的员工，单位可依据内部的规章制度，给予相应的纪律处分，如警告、记过、降职、辞退等。这些处分措施不仅是对违规员工的惩戒，也是对其他员工的警示，有助于维护单位的正常管理秩序和良好的企业文化。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十二条规定，人民法院、人民检察院或者公安机关对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案；认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的时候，不予立案，并且将不立案的原因通知控告人。控告人如果不服，可以申请复议。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十三条规定，人民检察院认为公安机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查的，或者被害人认为公安机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查，向人民检察院提出的，人民检察院应当要求公安机关说明不立案的理由。人民检察院认为公安机关不立案理由不能成立的，应当通知公安机关立案，公安机关接到通知后应当立案。
《中华人民共和国民法典》第一千一百六十五条规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。依照法律规定推定行为人有过错，其不能证明自己没有过错的，应当承担侵权责任。
