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公司变更法人辞退员工，补偿主体依然是公司。即使公司法定代表人变更，并不影响公司作为独立民事主体承担相应责任，应由公司对被辞退员工进行补偿。
1. 公司的独立法人地位：公司是具有独立法人资格的主体，有独立的财产，能够以自己的名义从事民事活动并独立承担民事责任。法定代表人只是代表公司行使职权的负责人，法定代表人的变更并不改变公司的主体资格和其应承担的法律义务。例如，甲公司原来的法定代表人是A，后变更为B，但甲公司依然是那个在市场中进行经营活动、与员工建立劳动关系的独立主体，其与员工签订的劳动合同等权利义务关系不受法定代表人变更的影响。
2. 劳动关系的相对方：在劳动关系中，是员工与公司建立了劳动关系，而不是与法定代表人个人建立劳动关系。员工为公司提供劳动，公司按照约定支付劳动报酬等。当公司辞退员工时，基于劳动关系产生的补偿义务主体是公司。比如，员工C在乙公司工作，乙公司变更法人后辞退了C，C是与乙公司有劳动关系，所以应由乙公司来承担辞退补偿责任，而不是变更后的法定代表人个人。
3. 维护员工合法权益：从维护员工合法权益的角度出发，将补偿主体确定为公司是合理且必要的。如果因为法定代表人的变更就改变补偿主体，会使员工的权益处于不稳定状态，增加员工维权的难度。员工通常是基于对公司整体的信任而提供劳动，不能因为公司内部法定代表人的更替而让员工的合法权益得不到保障。
4. 法律的明确规定：法律明确规定了用人单位在辞退员工时应承担相应的补偿责任，这里的用人单位就是指公司等法人组织。无论公司内部如何变更，只要是公司实施了辞退员工且符合需要补偿的情形，公司就应当承担补偿义务。
《中华人民共和国劳动合同法》第二条 中华人民共和国境内的企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织（以下称用人单位）与劳动者建立劳动关系，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，适用本法。
《中华人民共和国劳动合同法》第四十六条 有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；（二）用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的；（三）用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的；（四）用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的；（五）除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的；（六）依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的；（七）法律、行政法规规定的其他情形。
