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借款合同纠纷申请仲裁可以中断诉讼时效。
1. 仲裁的性质与诉讼时效中断原理：仲裁是一种非诉讼的争议解决方式，与诉讼具有相似的功能，都是通过法定程序来解决当事人之间的纠纷。根据法律规定，诉讼时效中断是指在诉讼时效期间进行中，因发生一定的法定事由，致使已经经过的时效期间统归无效，待时效中断的事由消除后，诉讼时效期间重新起算。申请仲裁这一行为表明权利人在积极主张自己的权利，符合诉讼时效中断的立法目的，即促使权利人及时行使权利，避免权利处于休眠状态。
2. 从法律保护权利人角度分析：在借款合同纠纷中，当出借人向仲裁机构申请仲裁时，这是其为维护自身合法债权而采取的积极措施。法律应当对这种积极行使权利的行为给予肯定和保护。如果不认定申请仲裁能中断诉讼时效，那么可能会出现权利人虽然已经通过合法途径主张权利，但由于诉讼时效的继续计算而导致其胜诉权丧失的不合理情况，这显然违背了法律公平保护当事人权益的原则。
3. 与诉讼程序的类比：诉讼和仲裁都是解决民事纠纷的重要途径。在诉讼中，向法院提起诉讼会导致诉讼时效中断，这是明确的法律规定。仲裁与诉讼在程序上有很多相似之处，都是由中立的第三方对纠纷进行裁决。既然诉讼能中断诉讼时效，基于相同的法理和公平原则，申请仲裁也应当能够中断诉讼时效。
4. 对义务人履行义务的督促作用：当权利人申请仲裁时，义务人会知晓权利人已经开始通过法律程序主张权利，这会对义务人产生一定的压力，促使其积极面对纠纷，考虑履行还款义务。如果不承认申请仲裁能中断诉讼时效，义务人可能会利用诉讼时效制度来逃避债务，这不利于维护正常的市场交易秩序和社会信用体系。
《中华人民共和国民法典》第一百九十五条规定，有下列情形之一的，诉讼时效中断，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算：（一）权利人向义务人提出履行请求；（二）义务人同意履行义务；（三）权利人提起诉讼或者申请仲裁；（四）与提起诉讼或者申请仲裁具有同等效力的其他情形。
