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分居五六年后，可以通过协议离婚或诉讼离婚的方式解除婚姻关系。
分居五六年的夫妻，如欲离婚，首先可选择协议离婚的方式。双方需就子女抚养权、抚养费、探视权，以及夫妻共同财产的分割等问题进行协商，并达成一致意见。随后，可携带离婚协议书、身份证、结婚证等材料，共同前往一方户籍所在地的婚姻登记机关办理离婚登记手续。
若双方无法就离婚事宜达成一致，或一方坚持离婚而另一方不同意，则可采取诉讼离婚的方式。提起诉讼的一方需准备好起诉状、身份证、结婚证、分居证明(如租房合同、分居协议等)以及其他相关证据材料，向有管辖权的人民法院提起离婚诉讼。法院在审理过程中，会先对双方进行调解，若调解无效且认定双方感情确已破裂，将依法判决准予离婚。
值得注意的是，分居时间长短并非离婚的唯一条件，法院在判决离婚时还会综合考虑双方的感情状况、婚姻基础、离婚原因等因素。
因此，即使分居五六年，若双方感情尚未完全破裂，法院也可能判决不准离婚。
《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚
(一)重婚或者与他人同居;
(二)实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员;
(三)有赌博、吸毒等恶习屡教不改;
(四)因感情不和分居满二年;
(五)其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
